Hướng dẫn quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu chi tiết
Khai báo hải quan là thủ tục bắt buộc trong quá trình nhập khẩu hàng hóa về Việt Nam. Nếu sai sót, doanh nghiệp có thể bị phạt, chậm thông quan hoặc đội chi phí. Bài viết này LTC Logistics sẽ giúp bạn hiểu rõ quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu một cách chi tiết, dễ hiểu và đúng quy định – đặc biệt phù hợp với các doanh nghiệp nhập khẩu lần đầu.
9 bước trong quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu
Trong bối cảnh hội nhập quốc tế sâu rộng, hoạt động xuất nhập khẩu tại Việt Nam ngày càng phát triển mạnh mẽ. Nhu cầu tiêu dùng cao cùng sự mở cửa của thị trường đã khiến nhiều doanh nghiệp nhập khẩu ra đời, đóng vai trò quan trọng trong việc thúc đẩy giao thương và tăng trưởng kinh tế.
Để đảm bảo hàng hóa nhập khẩu được thông quan hợp pháp và đúng quy định, các doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu. Tùy theo loại hàng hóa, doanh nghiệp sẽ thực hiện những bước thủ tục phù hợp.

Quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu
Bước 1: Xác định loại hàng hóa nhập khẩu
Việc đầu tiên trong quy trình là xác định xem hàng hóa thuộc loại nào:
- Hàng thông thường: Có thể làm thủ tục nhập khẩu bình thường.
- Hàng cấm nhập khẩu: Nếu nằm trong danh mục cấm theo Nghị định 187/2013/NĐ-CP, doanh nghiệp bắt buộc không được nhập.
- Hàng cần giấy phép nhập khẩu: Phải xin phép trước khi đưa hàng về cảng để tránh chi phí lưu kho.
- Hàng cần công bố hợp quy: Áp dụng với một số nhóm hàng, phải thực hiện công bố trước khi thông quan.
- Hàng kiểm tra chuyên ngành: Cơ quan chức năng sẽ kiểm tra sau khi hàng về, doanh nghiệp cần phối hợp để lấy mẫu kiểm tra.
Bước 2: Ký hợp đồng ngoại thương
Hợp đồng ngoại thương là văn bản thể hiện nội dung giao dịch giữa người bán và người mua. Đây là chứng từ bắt buộc trong bộ hồ sơ hải quan. Hợp đồng cần thể hiện rõ tên hàng, số lượng, giá trị, điều kiện giao hàng và phương thức thanh toán.
Bước 3: Kiểm tra bộ chứng từ hàng hóa
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ sau:
- Hợp đồng thương mại
- Vận đơn
- Hóa đơn thương mại
- Phiếu đóng gói
- Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O)
- Các tài liệu liên quan khác (nếu có)
Bước 4: Đăng ký kiểm tra chuyên ngành (nếu cần)
Sau khi nhận được giấy báo hàng đến (Arrival Notice), nếu hàng nằm trong danh mục cần kiểm tra chuyên ngành, doanh nghiệp phải đăng ký với cơ quan chức năng để lấy mẫu kiểm định. Kết quả kiểm tra sẽ được sử dụng trong các bước khai báo tiếp theo.
Bước 5: Khai và truyền tờ khai hải quan
Doanh nghiệp cần có chữ ký số và tài khoản khai hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS. Sau khi nhập đầy đủ thông tin, hệ thống sẽ tự động cấp số tờ khai nếu hợp lệ. Đây là bước cốt lõi trong quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu. Doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ các thông tin, đặc biệt là mã HS để tránh sai sót.
Bước 6: Lấy lệnh giao hàng (Delivery Order)
Doanh nghiệp chuẩn bị bộ hồ sơ gồm vận đơn, CMND, vận đơn bản gốc, giấy giới thiệu và phí dịch vụ để nhận lệnh giao hàng từ hãng tàu. Đối với hàng nguyên container (FCL), cần lưu ý thời hạn miễn phí lưu container và đóng phí nếu cần gia hạn.
Bước 7: Chuẩn bị hồ sơ hải quan và xử lý theo phân luồng
Sau khi khai tờ khai, hệ thống sẽ phân luồng:
- Luồng xanh: Miễn kiểm, chỉ cần nộp thuế là hoàn tất.
- Luồng vàng: Hải quan kiểm tra bộ hồ sơ, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ và chính xác.
- Luồng đỏ: Hải quan kiểm tra thực tế hàng hóa, quy trình chặt chẽ và tốn thời gian hơn.
Bước 8: Nộp thuế và hoàn tất thủ tục hải quan
Doanh nghiệp phải nộp các khoản thuế theo quy định như:
- Thuế nhập khẩu
- Thuế giá trị gia tăng (VAT)
- Thuế môi trường hoặc tiêu thụ đặc biệt (nếu có)
Sau khi nộp thuế đầy đủ, tờ khai sẽ được thông quan.
Bước 9: Làm thủ tục đổi lệnh và đưa hàng về kho
Doanh nghiệp cần thuê phương tiện vận chuyển, kho bãi để tiếp nhận hàng hóa. Sau đó đến phòng thương vụ cảng để đổi lệnh, xuất trình giấy tờ cần thiết và nộp phí. Cuối cùng là nhận phiếu giao nhận (ER) và đưa hàng về kho bảo quản.
Xem thêm: Quy trình khai báo hải quan hàng xuất khẩu chi tiết & đầy đủ nhất 2025
Một số lưu ý khi thực hiện quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu
Trong quá trình thực hiện thủ tục nhập khẩu, doanh nghiệp không chỉ cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ mà còn phải nắm rõ các quy định và nguyên tắc vận hành của hệ thống hải quan điện tử. Dưới đây là những điểm cần đặc biệt lưu ý trong quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu:

Lưu ý khi thực hiện quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu
Giới hạn số lượng mặt hàng trên tờ khai
Mỗi tờ khai chỉ được phép kê khai tối đa 50 dòng hàng. Nếu lô hàng có nhiều hơn 50 mặt hàng, doanh nghiệp bắt buộc phải tạo thêm các tờ khai bổ sung, được liên kết bằng số nhánh để đảm bảo tính đồng nhất.
Tỷ giá tính thuế và thời điểm khai báo
Tỷ giá tính thuế được xác định theo thời điểm đăng ký tờ khai. Nếu khai báo không được thực hiện trong cùng ngày, hệ thống có thể phát sinh chênh lệch tỷ giá, dẫn đến lỗi dữ liệu. Trong trường hợp đó, người khai cần sử dụng lại nghiệp vụ IDA thông qua mã IDB để cập nhật lại thông tin.
Tự động áp dụng thuế suất
Hệ thống sẽ tự động áp dụng thuế suất dựa trên thời điểm khai báo dự kiến. Do đó, doanh nghiệp cần đảm bảo thông tin mã HS code và các yếu tố ảnh hưởng đến thuế suất là chính xác và cập nhật mới nhất.
Ưu đãi thuế và miễn giảm
Nếu hàng hóa thuộc diện được miễn, giảm thuế, doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ các quy định liên quan để áp dụng chính xác, tránh thất thoát chi phí không cần thiết. Đây là phần không nên bỏ sót khi triển khai quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu.
Nhập đúng mã VAT
Đối với hàng hóa chịu thuế giá trị gia tăng (VAT), mã thuế suất cần được nhập đúng và đủ vào hệ thống. Việc sai lệch sẽ ảnh hưởng đến hiệu lực của tờ khai và nghĩa vụ nộp thuế.
Trường hợp bị từ chối cấp số tờ khai
Nếu doanh nghiệp chưa đủ điều kiện khai báo (ví dụ thiếu chữ ký số, thông tin sai lệch…), hệ thống sẽ từ chối cấp số tờ khai. Tuy nhiên, với các lô hàng đặc biệt như phục vụ cứu trợ, quốc phòng… vẫn có thể được xử lý linh hoạt theo quy định hiện hành.
Kiểm tra số vận đơn khi đăng ký bảo lãnh
Nếu sử dụng hình thức bảo lãnh riêng, số vận đơn khai báo phải khớp tuyệt đối với thông tin đã đăng ký trên hệ thống. Việc không đối chiếu kỹ ở bước này có thể khiến tờ khai bị từ chối tự động.
Phân tách tờ khai theo thời hạn nộp thuế
Khi cùng một mặt hàng nhưng có các thời hạn nộp thuế khác nhau, hệ thống yêu cầu phải tạo các tờ khai riêng biệt. Việc này giúp đảm bảo nghĩa vụ thuế được thực hiện đúng hạn và theo dõi chính xác từng lô hàng.
Việc tuân thủ đúng quy trình khai báo hải quan hàng nhập khẩu giúp doanh nghiệp đảm bảo thông quan đúng hạn và tránh được các rủi ro về pháp lý,không phát sinh thêm chi phí. Trong bối cảnh chính sách thường xuyên thay đổi, lựa chọn một đối tác am hiểu thủ tục, giàu kinh nghiệm sẽ là yếu tố then chốt để doanh nghiệp nhập khẩu vận hành hiệu quả hơn.
Nếu doanh nghiệp đang tìm kiếm một giải pháp khai báo hải quan trọn gói, chính xác và nhanh chóng, vui lòng liên hệ LTC Logistics qua hotline 0822 960 960 để được tư vấn chi tiết.