Trong hoạt động xuất nhập khẩu, thủ tục khai báo hải quan là bước bắt buộc để hàng hóa được thông quan hợp pháp và đúng quy định. Tuy nhiên, với các doanh nghiệp mới hoặc không chuyên, quá trình này có thể gây nhiều khó khăn do thiếu thông tin, chuẩn bị hồ sơ chưa đúng hoặc thao tác sai trên hệ thống điện tử.

Bài viết này, LTC Logistics sẽ giúp bạn cập nhật đầy đủ thủ tục khai báo hải quan mới nhất năm 2025, bao gồm các bước thực hiện, danh mục hồ sơ và những lưu ý quan trọng.

Vì sao phải làm thủ tục khai báo hải quan?

Thủ tục khai báo hải quan là một bước bắt buộc trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa qua biên giới quốc gia. Đây là các thủ tục hành chính được thực hiện tại cửa khẩu, cảng biển, cảng hàng không nhằm cho phép hàng hóa và phương tiện vận tải được phép xuất khẩu hoặc nhập khẩu hợp pháp ra vào lãnh thổ Việt Nam.

Thủ tục khai báo hải quan là một bước bắt buộc trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa

Dưới đây là những lý do mà cá nhân, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện thủ tục khai báo hải quan khi xuất nhập khẩu hàng hóa:

Kiểm soát hàng hóa ra/ vào lãnh thổ quốc gia

Việc khai báo giúp cơ quan hải quan kiểm soát chính xác loại hàng hóa, số lượng, trị giá, nguồn gốc… từ đó ngăn chặn các trường hợp buôn lậu, vận chuyển hàng cấm như ma túy, vũ khí, động vật hoang dã, đồ cổ…

Đồng thời, đây là cơ sở để nhà nước thống kê, phân tích dòng chảy thương mại và điều chỉnh chính sách xuất nhập khẩu phù hợp.

Xác định thuế suất và thu ngân sách đúng luật

Tờ khai hải quan là căn cứ để cơ quan chức năng áp đúng mã HS code, xác định trị giá tính thuế và tính đúng các loại thuế như thuế nhập khẩu, thuế VAT, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có). Việc này giúp doanh nghiệp tránh bị truy thu, xử phạt, còn nhà nước đảm bảo nguồn thu từ xuất nhập khẩu.

Hưởng ưu đãi thuế từ các hiệp định thương mại (FTA)

Khi khai báo đúng mã hàng, nước xuất xứ và cung cấp đủ chứng từ (ví dụ: C/O form E, form D…), doanh nghiệp sẽ được hưởng mức thuế suất ưu đãi theo các FTA mà Việt Nam đã ký.

Đảm bảo thời gian thông quan

Khai báo chính xác ngay từ đầu giúp giảm thiểu rủi ro bị kiểm tra thực tế hàng hóa, tránh việc bị yêu cầu sửa tờ khai, xuất trình bổ sung… tránh bị lưu kho kéo dài, giảm chi phí logistics.

Tăng tính minh bạch và giảm sai sót nhờ hệ thống điện tử

Hệ thống khai báo hải quan điện tử (VNACCS/VCIS) giúp doanh nghiệp nhập dữ liệu nhanh chóng, được phản hồi tự động về phân luồng, hồ sơ còn thiếu, sai lệch thông tin…

Tuân thủ quy định pháp luật – tránh rủi ro pháp lý

Theo Luật Hải quan Việt Nam, việc khai báo là nghĩa vụ bắt buộc khi xuất nhập khẩu hàng hóa, phương tiện vận tải. Nếu không khai báo, hoặc khai không đúng, doanh nghiệp có thể bị xử phạt hành chính, tịch thu hàng hóa hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự nếu vi phạm nghiêm trọng.

Các hình thức khai báo hải quan hiện nay

Hiện nay, thủ tục khai báo hải quan được thực hiện chủ yếu qua hai hình thức chính:

Khai báo hải quan điện tử

Đây là hình thức phổ biến và được khuyến khích áp dụng, doanh nghiệp gửi thông tin tờ khai và các chứng từ liên quan qua hệ thống điện tử như VNACCS/VCIS hoặc phần mềm ECUS, thay vì nộp hồ sơ giấy truyền thống.

Khai báo điện tử giúp rút ngắn thời gian xử lý, giảm chi phí, tăng tính minh bạch và giảm thiểu sai sót nhờ kiểm tra logic tự động của hệ thống. Đây cũng là hình thức bắt buộc đối với hầu hết các doanh nghiệp xuất nhập khẩu tại Việt Nam hiện nay.

Khai báo hải quan điện tử được khuyến khích áp dụng trong những năm gần đây

Xem thêm: Top 7+ công ty cung cấp dịch vụ hải quan uy tín tại TPHCM

Khai báo hải quan giấy (truyền thống)

Đây là hình thức nộp hồ sơ giấy trực tiếp tại cơ quan hải quan, bao gồm tờ khai hải quan và các chứng từ kèm theo. Hình thức này chỉ áp dụng trong một số trường hợp đặc biệt như hàng hóa cư dân biên giới, hàng hóa tạm nhập tái xuất, hoặc khi hệ thống điện tử bị gián đoạn.

Ngoài ra, tùy theo mục đích và loại hình xuất nhập khẩu, tờ khai hải quan được phân thành các loại như:

Tờ khai nhập khẩu
Tờ khai xuất khẩu
Tờ khai quá cảnh
Tờ khai tạm nhập tái xuất
Tờ khai gia công

Mỗi loại tờ khai có quy trình và yêu cầu chứng từ riêng biệt, nhưng đều có thể được khai báo qua hình thức điện tử để tăng hiệu quả và tính chính xác.

Hướng dẫn chi tiết làm thủ tục khai báo hải quan

Để thực hiện thủ tục khai báo hải quan đúng quy định, doanh nghiệp hoặc cá nhân cần tuân theo các bước sau:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ khai báo

Tùy theo loại hình xuất/nhập khẩu (kinh doanh, gia công, tạm nhập tái xuất…), hồ sơ thường bao gồm:

Tờ khai hải quan điện tử (khai qua phần mềm VNACCS/VCIS)
Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)
Hợp đồng mua bán (Sales Contract)
Vận đơn (Bill of Lading hoặc Airway Bill)
Phiếu đóng gói (Packing List)
Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu có
Giấy phép nhập khẩu với mặt hàng có điều kiện (nếu yêu cầu)
Các chứng từ khác: Kiểm dịch, kiểm tra chất lượng, chứng nhận hợp chuẩn…

Bước 2: Khai báo hải quan điện tử

Doanh nghiệp sử dụng phần mềm khai báo (như ECUS5, VNACCS…) để:

Nhập đầy đủ thông tin về lô hàng (mã HS, số lượng, trị giá, cảng đi/đến, đơn vị vận chuyển…)
Gửi tờ khai điện tử lên hệ thống hải quan
Nhận kết quả phân luồng:

Phân luồng	Ý nghĩa	Ghi chú
Luồng xanh	Miễn kiểm tra, thông quan ngay	Đóng thuế, thông quan hàng
Luồng vàng	Kiểm tra chứng từ gi	Xuất trình hồ sơ bản cứng
Luồng đỏ	Kiểm tra hồ sơ và hàng hóa thực tế	Chuẩn bị hàng để kiểm tra

Bước 3: Nộp thuế/ lệ phí và thông quan

Sau khi tờ khai được hệ thống tiếp nhận, doanh nghiệp thực hiện:

Nộp thuế nhập khẩu, VAT, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có)
Nộp lệ phí làm thủ tục hải quan
Có thể thanh toán qua ngân hàng điện tử hoặc nộp trực tiếp tại kho bạc

Khi hoàn tất kiểm tra và nộp thuế, cơ quan hải quan sẽ xác nhận thông quan. Doanh nghiệp mang tờ khai đã thông quan cùng các chứng từ liên quan để đến cảng/kho nhận hàng.

Bước 5: Lưu trữ hồ sơ và hoàn tất nghiệp vụ

Sau thông quan, doanh nghiệp cần:

Lưu hồ sơ khai báo ít nhất 5 năm (theo quy định của Luật Hải quan)
Hạch toán, quyết toán với các cơ quan liên quan (kế toán, thuế, kiểm toán…)
Kiểm tra, bổ sung hồ sơ nếu có sai sót hoặc bị thanh tra sau thông quan

Lưu ý khi làm thủ tục khai báo hải quan

Khi thực hiện thủ tục khai báo hải quan, doanh nghiệp và cá nhân cần lưu ý một số điểm quan trọng để đảm bảo quá trình thông quan diễn ra nhanh chóng, chính xác và tránh rủi ro pháp lý:

Kiểm tra kỹ mã HS (Harmonized System) của hàng hóa

Mã HS ảnh hưởng trực tiếp đến thuế suất và chính sách quản lý hàng hóa. Việc khai sai mã HS có thể dẫn đến truy thu thuế, phạt hành chính hoặc bị phân luồng kiểm tra nghiêm ngặt hơn, gây chậm trễ trong thông quan.

Đảm bảo tính đồng bộ và chính xác giữa các chứng từ

Thông tin như tên hàng, số lượng, trị giá, điều kiện giao hàng (FOB/CIF), số container phải thống nhất hoàn toàn trên hóa đơn thương mại, vận đơn, phiếu đóng gói và hợp đồng mua bán. Sai lệch thông tin có thể khiến hồ sơ bị tạm ngưng xử lý hoặc yêu cầu sửa đổi, làm phát sinh chi phí và thời gian chờ đợi.

Theo dõi sát luồng tờ khai hải quan

Sau khi khai báo, cần thường xuyên kiểm tra trạng thái phân luồng (xanh, vàng, đỏ). Nếu tờ khai bị phân luồng vàng hoặc đỏ, doanh nghiệp cần chuẩn bị sẵn các chứng từ, phương án giải trình và phối hợp chặt chẽ với đơn vị logistics để xử lý kịp thời, tránh kéo dài thời gian thông quan.

Chuẩn bị và đáp ứng yêu cầu kiểm tra chuyên ngành nếu có

Một số mặt hàng như thực phẩm, dược phẩm, máy móc thiết bị, hóa chất cần phải kiểm tra chất lượng, dán nhãn hoặc xin giấy phép chuyên ngành trước hoặc song song với thủ tục khai báo hải quan. Việc này giúp đảm bảo hàng hóa đáp ứng tiêu chuẩn và quy định của cơ quan quản lý nhà nước.

Tuân thủ thời hạn và quy định về nộp tờ khai, thuế

Cần chú ý thời hạn cuối cùng để hoàn thành thủ tục thông quan và gửi tờ khai cho hãng tàu hoặc cơ quan hải quan nhằm tránh bị phạt hoặc mất quyền lợi ưu đãi.

Lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ sau khi thông quan

Theo quy định, doanh nghiệp phải lưu giữ hồ sơ khai báo hải quan ít nhất 5 năm để phục vụ kiểm tra, đối chiếu khi có yêu cầu từ cơ quan chức năng.

Việc thực hiện đúng thủ tục khai báo hải quan không chỉ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và chi phí mà còn giảm thiểu rủi ro khi xuất nhập khẩu hàng hóa. Trong bối cảnh chính sách hải quan thường xuyên thay đổi, việc cập nhật thông tin chính xác và hiểu rõ quy trình là điều vô cùng cần thiết.

Nếu doanh nghiệp chưa có kinh nghiệm hoặc muốn đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng, vui lòng liên hệ LTC Logistics qua hotline 0822 960 960 để được hỗ trợ tư vấn từ A đến Z về dịch vụ thủ tục hải quan trọn gói.

Thủ tục khai báo hải quan mới nhất 2025: Hướng dẫn chi tiết từ A–Z